Der er en del punkter, man kan tage frem. Grundlæggende er ligheden, at alle tre kalder sig evangelisk-lutherske. For Indre Missions og Luthersk Missions vedkommende er dette dog kun delvist sandt. Augustanakirken holder sig derimod helt og fuld til den evangelisk-lutherske lære, fordi den stemmer overens med Biblen.

Indre Mission og Luthersk Mission har deres rødder i dét, der kaldes pietismen. Det var en bevægelse, der reagerede mod den lutherske ortodoksi i 1600- og 1700-tallet, og som ikke brød sig om den megen vægt på den rette lære og Guds objektive nåde i ordet og sakramenterne. I stedet lagde pietismen større vægt på den subjektive omvendelsesoplevelse og det kristne liv. Man beskyldte fejlagtigt ortodoksien for ikke at lægge vægt på disse ting, fordi man selv lagde hovedvægten herpå. Denne grundtankegang hos pietismen førte til en del af dét, der i dag adskiller Indre Mission og Luthersk Mission fra evangelisk-luthersk kristendom og dermed Augustanakirken. Her er nogle eksempler:

1. Bibelsynet. Man kalder sig bibeltro i både Indre Mission og Luthersk Mission, og i LM vil man ofte hævde at have et ortodoks bibelsyn. Alligevel kan man begge steder f.eks. møde den holdning, at skabelsesberetningen ikke er en historisk beretning om, hvordan Gud på seks dage skabte jorden. Man modsiger også Biblens klarhed i lærespørgsmål, når man begge steder tillader forskellig lære om f.eks. tusindsårsriget.

2. Frelsen. Selvom man nok lægger mere vægt på sakramenterne i Indre Mission end i Luthersk Mission, gælder det for begge, at den personlige omvendelsesoplevelse får en stærk plads og at man kan møde mennesker, der mener, at man kan "bede sig til frelse". Her fastholder den lutherske kirke, at Gud alene rækker syndernes forladelse gennem sit ord og sakramenter og at det er Gud, der skaber troen. Når man flytter vægten til den personlige omvendelsesoplevelse, kommer mennesker til at forlade sig på den i stedet for på Guds nådemidler. Det skaber enten en falsk tro eller fortvivlelse, fordi ens egne oplevelser altid er usikre.

Man kan også begge steder høre en forkyndelse, der opfordrer mennesker til at beslutte sig for at tro eller følge Jesus for at blive frelst. Det bygger på den holdning, at mennesker har en hel eller delvis fri vilje, som de kan gøre brug af i omvendelsen. Ofte følges den af tanken om, at mennesker kan være "vakte", hvormed man mener, at mennesket kan være i en tilstand mellem en troende og en vantro og dér kan beslutte sig for at tro.

I nyere tid har missionsbevægelsernes vægt på menneskers oplevelser betydet større åbenhed for karismatikerne og for disses "lovsang", som ofte er orienteret om oplevelser og følelser i stedet for Guds ords lære. I en luthersk sammenhæng, er sangens formål at forkynde og indprente læren og ikke først og fremmest at give udtryk for menneskers følelser.

3. Kirkefællesskab og forholdet til folkekirken. Både Indre Mission og Luthersk Mission opererer indenfor folkekirken, selvom Luthersk Mission også har frimenigheder tilknyttet. Disse frimenigheder har dog stadigt kirkeligt fællesskab med folkekirken, så folkekirkemedlemmer kan prædike og gå til alters i menighederne. I evangelisk-luthersk kristendom, bygger kirkefællesskab på enighed i læren og sakramentsforvaltningen.

4. Kirken og embedet. I Luthersk Mission og Indre Mission mødes man gerne udenfor den lokale menighed og uden sin sognepræst omkring forkyndelse i missionshusene eller bibelstudie i hjemmene. Ifølge evangelisk-luthersk lære må ingen forkynde eller undervise i menighedens forsamling uden at være kaldet til hyrde- og læreembedet af kirken, hvilket vil sige den lokale menighed. For det er gennem kirken, Gud kalder og sender forkyndere. Ingen må prædike i menigheden uden Guds kald og mandat. Et yderligere problem ved missionshuse og bibelkredse er, at dem, der her underviser andre sjældent er uddannede og prøvede i hele den lutherske lære. Dermed fører det uundgåeligt til, at man accepterer falsk lære og at den får gode vækstbetingelser i menighederne.

Dette er blot nogle eksempler på forskellene.